Au début du XVI ème siècle à Artigat, petit village du sud-ouest de la France, les problèmes de confession font rage.

Les protestants font petit à petit main basse sur la plupart des terres du village. Pour juguler cette hémorragie, il est important que Bertrande, héritière d'une famille aisée, épouse Martin Guerre afin que ses possessions restent en mains catholiques. Mais ils sont encore si jeunes...

La venue d'un héritier tarde, les esprits s'échauffent, Martin se voit contraint de fuir, laissant derrière lui Bertrande, seule face aux villageois.

Sept ans ont passé. Un homme se présente à Artigat. C'est Benoît qui le reçoit et va annoncer aux villageois qu'il y a un homme qui cherche Bertrande...

Pendant plusieurs années il vivra chez Bertrande, mais est-il bien Martin?...